不管是什么样的疣，治疗都分为这两个阶段来治疗，第一阶段去除疣体，第二阶段巩固治疗、减少复发。因为在宫颈和阴道壁的疣体不太容易发现，需要借助窥器或者借助阴道镜才可以看清楚，因此女性尖锐湿疣在治疗外阴、肛周疣体的同时，一定不要漏了检查阴道壁和宫颈。
由于尖锐湿疣发生和复发与感染hpv病毒有关，这个病毒在体内繁殖复制，然后体表才会长出疣体，在受到外界因素影响的情况下出现了复发的情况。所以想根治尖锐湿疣一定要彻底清除体内的潜藏病毒而不是清除表面疣体那么简单，因此尖锐湿疣的治疗方法很重要。
治疗女性尖锐湿疣的传统疗法，如激光、电灼、冷冻、手术等疗法，在治疗上存在不彻底，疗程长、易留疤等弊端，最重要的是治疗后hpv病毒反复的发作，像割韭菜一样，根还在是治不好的。
中医治疗尖锐湿疣，从湿热邪毒外侵肝经辨治。以清热解毒之五味消毒饮合清热化湿、活血降浊之四妙丸加减，临床取得满意疗效。从多年的临床印证看来，中医中药对于久治不愈及反复复发者收效甚好，临床治疗湿热内蕴疾病疗效显著。