由于尿道为单层柱状上皮、局部比较潮湿、局部免疫力下降，如果治疗方法不当，易导致尿道内尖锐湿疣难治易复发，另外易导致尿道不适感长时间不易消退，甚至导致尿道瘢痕。
干扰素是一种广谱抗病毒药物，它并不会直接将病毒杀死，也无法直接抑制病毒。干扰素只能通过加强细胞的活力，来增强人体免疫力和提高抗病毒的能力。所以，对尖锐湿疣的治疗其实也只是起到间接的作用。
现代中医认为“尖锐湿疣”发生的主要病因、病机是不洁交媾或间接接触污秽之物品，湿热淫毒从外侵入外阴皮肤粘膜，导致肝经郁热、气血不和；湿热毒邪博结而成“臊疣”。湿热阴邪其性粘滞，缠绵难祛，耗伤正气、正虚邪恋，以致湿热邪毒（尖锐湿疣）难以自愈，容易反复复发。
通过2011101665723号国家发明专利中医组方，按疗程以纯中药汤剂的“口服+泡洗”结合用药，是可以达到标本兼治，彻底治愈尖锐湿疣不复发的。因此，中医治疗尖锐湿疣可以去根，但需要一定耐心，毕竟不是单纯去除疣体，而是从根本上清除疣体及病毒。